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2000年代
2000年8月12日：ロシア海軍の原子力潜水艦「クルスク」がバレンツ海において演習中魚雷発射管室の爆発により沈没。乗員118名全員が死亡。
2001年2月10日：えひめ丸事件。オアフ島沖で宇和島水産高校の練習船「えひめ丸」がアメリカ海軍の原子力潜水艦グリーンヴィルに衝突され沈没。えひめ丸の乗員35名中9名が死亡。
2002年9月26日：セネガル政府所有のフェリージョラ号が、ガンビア沖で沈没。この惨事で少なくとも1,863人が死亡。
2002年11月26日：自動車運搬船「HUAL・ヨーロッパ」（バハマ船籍：HUAL社（ノルウェー）所有）、伊豆大島沿岸にて、暴風雨の直撃を受け座礁。乗員24名は全員無事だったものの、船体ほぼ全部を損壊、航行不能、重油流出、火災発生。
2002年12月5日：日立港で北朝鮮船籍のチルソン号が座礁。重油流出事故を発生させた上、その後放棄された。後に無保険船の日本寄港を制限する油濁損害賠償保障法（改正後の名称：船舶油濁損害賠償保障法）改正のきっかけとなる。
2003年7月2日：玄界灘海難事故。福岡県沖の玄界灘にて日本船に韓国船が衝突。日本側の1名が死亡、6名が行方不明。
2003年7月6日：上記海難事故の4日後、貨物船「コレックス・クンサン」（韓国船籍）、またしても玄界灘にて、夜間の警戒不備により、漁業取締船「からしま」（水産庁所属）に衝突。「からしま」は乗員全員無事だったものの、船体ほぼ全部を損壊、沈没。「コレックス・クンサン」は乗員全員無事、損壊なし。上記海難事故と合わせて事故の規模に対する報道の少なさが恣意的では無いかと問題になった。
2005年9月28日：コンテナ船「ZIM・アジア」（イスラエル船籍：ZIM社（イスラエル）所有）、北海道・根室沖合いにて、夜間の警戒不備により、サンマ漁船「第三新生丸」（日本船籍）に衝突。「第三新生丸」は乗員7名死亡、船体ほぼ全部を損壊、沈没。「ZIM・アジア」は乗員全員無事、船体はほぼ損壊ないものの、救助活動をおこなわず、逃走。
2006年2月3日：サウジアラビアからエジプトに向かって紅海を航行していた1400人乗りのフェリーのアル・サラム・ボッカチオ98がフェリーデッキに載せていた車両からの火災が原因で沈没。1000名以上の死者・行方不明者を出した。悪天候の他に船が老朽船である上に改造で重心が極めて高くなっていたので、消火活動を続けているうちにバランスを崩して転覆したのが原因とされる。なお、生存者の証言によれば船長が真っ先に逃亡したらしい。
転覆したRO-RO船 クーガー・エース2006年7月23日：自動車運搬船「クーガー・エース」（シンガポール船籍：5万5千トン：商船三井（日本）所有）、米国・アラスカ州・アリューシャン列島沖合いにて、暴風雨の直撃を受け転覆。乗員23名は全員無事、船体はほぼ損壊ないものの、80度に傾き横転、航行不能、重油流出なし、積荷の乗用車4703台（全てマツダ製）および小型トラック110台（全ていすゞ自動車製）が全損・廃棄される。
2006年9月2日未明：『海上レストランスカンジナビア』として2005年3月まで静岡県沼津市西浦木負で使用されていた現存するクルーズ客船では最古の『ステラ・ポラリス号』が、伊豆箱根鉄道より故郷のスウェーデンの企業に買収された後、中国上海での改修工事の行うため8月31日に出航し航行中、和歌山県潮岬沖3km(水深72m)の海上で沈没。乗船者はおらず、死亡者・けが人は0人。
2006年10月6日：茨城県鹿島港外にてパナマ船籍貨物船「ジャイアント ステップ」が急速に発達した低気圧による暴風のため走錨して座礁、船体切断。10名死亡または行方不明。ほぼ同時・同位置にて、「オーシャンビクトリー」「エリダエース」も座礁し、連続事故となった。同日、女川港沖でさんま漁船「第七千代丸」が高波をかぶって機関停止し、座礁横転。16名死亡または行方不明。
2006年11月21日：海上自衛隊の練習潜水艦「あさしお」が宮崎県沖で訓練航行中、パナマ船籍の貨物船「スプリング オースター」と接触。「スプリング・オースター」は船底部にわずかな亀裂と少量の浸水を起こし、「あさしお」は垂直舵を損傷するも、双方怪我人はなし。 「スプリング・オースター」側は当初潜水艦との接触事故だと気付かなかったという。また一部専門家によれば「あさしお」の損傷は『沈没してもおかしくない』ほどであったともされる。（『軍事研究』’07年3月号）
2007年1月9日：ロサンゼルス級原子力潜水艦「ニューポート・ニューズ」（米国海軍所属）、ホルムズ海峡にて、警戒不備により、タンカー「最上川」（日本船籍：16万トン：川崎汽船（日本）所有）に衝突。「最上川」は乗員全員無事だったものの、船底部を損壊、航行不能、重油流出なし。「ニューポート・ニューズ」は乗員全員無事、損壊なし、放射能漏れなし。
2007年1月18日：コンテナ船「MSC・ナポリ」（英国船籍：MSC社（スイス）所有）、英国・デヴォン州沖合いにて、暴風雨の直撃を受け座礁。乗員26名は全員無事だったものの、船体ほぼ全部を損壊、航行不能、重油流出、約50個のコンテナが沿岸に漂着する。
2007年7月6日、サントリーニ島沖で客船シーダイヤモンドが座礁、沈没。
2007年7月27日：貨物船「アルファ・アクション」（ギリシャ船籍：7万7千トン）、伊豆諸島・利島沖合いにて、夜間の警戒不備により、コンテナ船「ワンハイ307」（シンガポール船籍：2万6千トン：ワンハイ海運（台湾）所有）に衝突。「ワンハイ307」は乗員全員無事だったものの、船尾を損壊、航行不能、重油流出。「アルファ・アクション」は乗員全員無事だったものの、船首を損壊、航行不能、重油流出なし。
2008年2月19日：イージス艦衝突事故。海上自衛隊のイージス艦「あたご」がハワイでのミサイル実験から帰投途中、千葉県野島崎沖の太平洋上で、出漁中のマグロ延縄漁船団と交錯した際に船団の一隻「清徳丸」と衝突、あたごの舳先で清徳丸は両断し沈没。乗員の父子2人が行方不明。
2008年3月5日：神戸市垂水区沖の明石海峡付近で、「第五栄政丸」が「オーシャンフェニックス号」に衝突。その後「オーシャンフェニックス号」が「ゴールドリーダー号（ベリーズ船籍）」に衝突し、「ゴールドリーダー号」が沈没。乗組員9人のうち、3人が行方不明。
2008年6月22日：フィリピンシブヤン島沖で、台風6号の影響によりフェリー「ＭＶプリンセス・オブ・スターズ」が沈没。乗客700人以上が行方不明。
2008年12月7日:韓国・秦安近海に停泊していたタンカー「ホベイスピリット」にサムスン重工業所属のクレーン船が衝突。12547klの重油が流失して韓国史上最大規模の海洋汚染となった。原因は本来は曳いていたタグボートが迂回しなければならないところ、近道をしようとしたが波浪によってコントロールを失ったものと考えられるが、韓国では停泊していたタンカーに責任があるとし、インド人の船長と一等航海士に有罪判決が下ったことから、インドではサムスン製品の不買運動が発生、各国の船員組合が韓国行きボイコットしようとするなど波紋が広がっている。
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